根据财政部、国家税务总局《关于暂免征收部分小微企业增值税和营业税的通知》（财税【2013】52号）以及国家税务总局《关于暂免征收部分小微企业增值税和营业税政策有关问题的公告》（2013年第49号），自2013年9月份起纳税申报相关事项调整如下。
一、综合申报
纳税人在填报《综合申报表》时，
1、如本月申报应纳营业税的营业收入累计小于或者等于2万元（按季申报的为6万元）的，界面提示：“本次累计申报营业额（xx.xx元）未超过2万元（按季纳税6万元），按【确认】将应纳营业税及附征税费修改为0。”。
2、如本月申报增值税额小于600元的，界面提示为：“本次累计申报增值税税额（xx.xx元）未超过600元，按【确认】将增值税附征税费修改为0。”
上述两项点击确认后，申报表“应税(费)金额或数量”栏不变，系统自动将其金额带入“允许扣除数”栏中，营业税的“计税(费)金额或数量”栏变为为0；对增值税额小于等于600元的，直接将计税依据和应纳税额修改为0。如取消，则继续全额生成相关税费。
二、补充申报
纳税人在税款所属月份内单次申报应纳营业税的营业收入未超过2万元并已享受营业税减免优惠、多次申报累计营业额超过2万元的，在自行补充申报时，“应税(费)金额或数量”栏为本次申报数，将原已享受优惠的营业额以负值录入在“允许扣除数”栏中，使营业税的“计税(费)金额或数量”栏反映本次应征收（含补征收）的计税依据；对需补征的已享受减免的增值税附征，在“应税(费)金额或数量”栏输入补征的税费即可。（例如：某一企业在税款所属月份内第一次申报营业额为15000元，未超过2万元享受营业税减免优惠，在该税款所属月份内第二次申报营业额为6000元，累计月营业额超过20000元，在自行补充申报时，在“应税金额/数量”栏录入6000元，在“允许扣除数”栏中录入-15000元，本次应征收（含补征收）的“计税依据”栏系统会自动冲减，体现为21000元）。
